Lịch sử của chiến tranh sinh học đã có từ hơn sáu thế kỷ trước trận vây hãm Kaffa năm 1346,[14] các hạn chế quốc tế đối với chiến tranh sinh học chỉ bắt đầu với Nghị định thư Geneva năm 1925, cấm sử dụng nhưng không cấm sở hữu hoặc phát triển vũ khí hóa học và độc tố.[15] Sau khi phê chuẩn Nghị định thư Geneva, một số quốc gia đã bảo lưu về khả năng áp dụng và sử dụng nó để trả đũa.[16] Do những hạn chế này, trên thực tế, nó chỉ giống như "một thỏa thuận không sử dụng trước".[17] Hơn hết, nó đã không ngăn cản nhiều quốc gia bắt đầu và mở rộng các chương trình vũ khí sinh học tấn công, bao gồm Hoa Kỳ[18] (hoạt động từ 1943 đến 1969) và Liên Xô (hoạt động từ những năm 1920 cho đến ít nhất là năm 1992).[19]

Hệ thống chiến tranh sinh học của Mỹ đã bị Tổng thống Nixon chấm dứt vào năm 1969 khi ông đưa ra Tuyên bố về các Chương trình và Chính sách Phòng thủ Hóa học và Sinh học.[20][21] Tuyên bố chấm dứt vô điều kiện tất cả các chương trình vũ khí sinh học tấn công của Mỹ.[22] Khi Nixon kết thúc chương trình, ngân sách là 300 triệu đô la hàng năm.[23][24]

BWC đã tìm cách bổ sung Nghị định thư Geneva và nó đã được đàm phán trong Hội nghị của Ủy ban Giải trừ Quân bị ở Geneva từ năm 1969 đến năm 1972, sau khi kết thúc đàm phán Hiệp ước về Không Phổ biến Vũ khí Hạt nhân.[25] Một đề xuất của Anh đã được đưa ra vào năm 1968 về việc xem xét tách biệt vũ khí hóa học và sinh học và lần đầu tiên đàm phán một công ước về vũ khí sinh học.[25][26] Các cuộc đàm phán đã đạt nhiều tiến triển hơn nữa khi Hoa Kỳ quyết định đơn phương chấm dứt chương trình vũ khí sinh học tấn công vào năm 1969 và ủng hộ đề xuất của Anh.[27][28] Vào tháng 3 năm 1971, Liên Xô và các đồng minh đã đảo ngược sự phản đối trước đó của họ đối với việc tách biệt vũ khí hóa học và sinh học và đưa ra dự thảo công ước của riêng mình.[29][30] Giai đoạn đàm phán cuối cùng đã đạt được khi Hoa Kỳ và Liên Xô đệ trình các bản thảo giống hệt nhau nhưng riêng biệt của văn bản BWC vào ngày 5 tháng 8 năm 1971.[25] BWC được đưa ra để ký vào ngày 10 tháng 4 năm 1972 tại Luân Đôn, Moscow và Washington, D.C. và nó có hiệu lực vào ngày 26 tháng 3 năm 1975 sau khi được 22 quốc gia phê chuẩn, bao gồm cả ba chính phủ lưu chiểu (Liên Xô, Hoa Kỳ và Vương quốc Anh).[25]

Đã có một số nhà khoa học quan tâm kêu gọi hiện đại hóa BWC tại các Hội nghị Đánh giá định kỳ. Điển hình, Filippa Lentzos và Gregory Koblentz đã chỉ ra vào năm 2016, "các cuộc tranh luận đương đại quan trọng về những phát triển mới" ở Hội nghị đánh giá BWC bao gồm "các thí nghiệm đạt được chức năng, mầm bệnh đại dịch tiềm ẩn, CRISPR và các công nghệ chỉnh sửa bộ gen khác, ổ đĩa gen và sinh học tổng hợp”.[31]